（一） 秘书一处
　　负责以市政府或办公厅名义召开的综合性会议、市政府常务会议、市长办公会议的筹备、服务，以及有关文字材料的起草等工作。
（二）秘书二处
　　负责市政府监察、审计工作。负责市政府办公厅、财政、西宁城投公司工作。负责与市人大常委会重大事项的协调事宜。
（三）秘书三处
　　负责市政府经贸、外贸、劳动和社会保障、邮政、电信等方面工作的协调服务。
（四）秘书四处
　　负责市政府科技、教育、文化、卫生、体育、计划生育等方面工作的协调服务。
（五）秘书五处
　　负责人事、公安、国安、司法、交通、民政、接待、旅游、行政服务中心、信访、法制等方面的工作。负责与西宁警备区重大事项的协调事宜。
（六）秘书六处
　　负责市政府农牧业、林业、水务、园林、旅游、两山绿化等方面工作的协调服务。负责城乡规划建设、国土资源、房产、公积金管理、机关事务、地震、仲裁等方面的工作。负责海湖新区、城管、环保、人防等方面的工作。
（七）机要文书处
　　办理文电收发、印鉴管理、档案、保密、通信、文印等项工作。
（八）信息督查处
　　围绕全市中心工作、市政府领导关注的重点、热点及群众反映强烈的问题，开展信息调研，负责全市及各地重要信息的收集、筛选和编发，指导全市政务信息工作，承办办公厅的政务信息工作；负责市政府全体会议、常务会议、市长办公会议的各项决定及市政府重大事务的督办和反馈工作，负责办理省、市重要会议决定事项及上级领导批办的各种事项，负责办理全国及省、市人大代表和政协委员的议案、建议、批评、意见和提案工作。
（九）行政处
　　负责厅机关党务、政务等工作，负责办公厅后勤保障，办理财务等方面的工作。
（十）市政府网站管理办公室
　　负责市政府电子政务建设、政府网站管理、网络信息资料收集、反馈等。
（十一）市政府办公厅挂市政府法制办公室牌子，主要协助市政府办理法制工作　事项，市政府副秘书长兼法制办公室主任。市政府法制办公室内设法规处、行政执法监督处。
（十二）市政府经济发展研究室（挂西宁市经济体制改革办公室牌子），为市政府办公厅管理的副县级行政机构。将原经济体制改革研究委员会承担的经济研究职能和原计划委员会管理的市政府经济研究中心职能划入市政府经济发展研究室。市政府经济发展研究室的主要职责：根据党中央关于建立社会主义市场经济体制的战略部署，充分体现综合性、全局性、超前性的特点，加强对改革开放工作的调查研究，咨询建议、方案论证、跟踪反馈；对经济社会发展形势进行动态分析和前景预测，对当前重大的或跨部门的政策问题和中长期战略组织开展调研。
（十三）市外事侨务办公室为市政府办公厅管理的副县级行政机构，市政府办公厅副主任兼外事侨务办公室主任。主要职责：搜集、编发、起草有关外事和侨务工作方面的资料、文件，开展政府侨务政策和涉外工作政策的宣传教育。负责接待业务来访的外宾及各国驻华使馆、领馆官员，办理对外交往及出访事务；审查办理因公出国、出境手续。负责与国外地方政府友好城市的联系，开展各项友好交往活动，负责全市归侨、侨眷的管理工作。
（十四）西宁市信访局（市政府公开电话办公室）为市政府办公厅管理的负责全市信访工作的副县级行政机构，业务上受市委办公厅、市政府办公厅指导。主要职责：接待群众来访，处理人民来信，催办查办重要信访案件和群众来信来访反映的重大问题；受理市民对市和区政府及工作部门的批评、意见及建议。受理市民对政府公务人员工作效率、质量、作风、违法违约问题的反映；受理市民对经济建设、城市管理方面的批评意见和建议。
（十五）市直机关保卫处为市政府办公厅管理的科级行政机构。主要职责：负责市直机关安全保卫工作和社会治安综合治理工作。
（十六）西宁市地方志办公室仍为办公厅代管的事业单位。负责全市修志工作，组织和指导各专业志的编纂工作。
（十七）市政府驻北京联络处仍由办公厅代管。